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UK Biobank construira une plate-forme d’analyse de données hébergée par AWS avec DNAnexus pour accélérer la recherche

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UK Biobank a obtenu des fonds pour construire une plate-forme d’analyse de données dans le cloud Amazon Web Services (AWS) qui, espère-t-elle, permettra aux chercheurs du monde entier d’accéder plus facilement aux données de santé qu’elle détient.

En activité depuis 2006, UK Biobank est une étude à long terme axée sur l’établissement de la façon dont la génétique et les facteurs environnementaux contribuent à l’apparition des maladies humaines, avec ses connaissances fondées sur les données de santé recueillies auprès de plus de 500.000 volontaires britanniques.

Au cours des cinq prochaines années, le projet estime que la quantité de données stockées dans sa base de données passera à 15 PB, ce qui est susceptible de rendre l’accès à l’information plus difficile pour les chercheurs qui en dépendent.

« Les données sont actuellement fournies aux chercheurs agréés pour téléchargement, ce qui nécessite une quantité substantielle d’espace de stockage local coûteux, ainsi que la puissance de calcul », a déclaré UK Biobank dans un communiqué.

Cela limite, à son tour, la gamme de chercheurs qui peuvent utiliser l’information à ceux qui ont la capacité de stocker et de traiter de très grandes quantités de données localement, c’est pourquoi une alternative basée sur le cloud est maintenant en cours de développement.

Rory Collins, chercheur principal de UK Biobank, a déclaré que le succès de l’ensemble de l’initiative repose sur la capacité de rendre les données que l’organisation détient accessibles à un éventail aussi large d’équipes de recherche que possible.

« Cette nouvelle plate-forme démocratise l’accès, nous aidant à libérer l’imagination des meilleurs esprits scientifiques du monde – où qu’ils soient – à faire des découvertes qui améliorent la santé humaine », a-t-il déclaré.

Le financement du projet est fourni par l’organisme de recherche wellcome, axé sur les produits pharmaceutiques, tandis que la plate-forme elle-même est développée grâce à une collaboration entre AWS et le fournisseur américain de plateformes d’analyse et de gestion de données DNAnexus.

En plus de fournir la partie d’hébergement et de calcul du projet, AWS s’est également engagée à fournir 1,5 millions de dollars en crédits de recherche aux chercheurs agréés en début de carrière, ainsi qu’à ceux qui vivent dans des pays à revenu faible ou intermédiaire, afin d’élargir la gamme de contributeurs à UK Biobank.

Une fois la plate-forme terminée, ces chercheurs seront en mesure d’analyser les données dont ils ont besoin au sein de la plate-forme hébergée par le cloud, ce qui, selon UK Biobank, ouvrira l’accès à elle, mais aussi le rendre plus rapide et plus rentable à traiter.

« La plate-forme de UK Biobank rendra non seulement les données plus accessibles à un plus grand nombre de chercheurs en principe, mais aussi – en raison de l’extraordinaire générosité d’AWS – elle sera plus accessible dans la pratique », a déclaré le Dr Mark Effingham, directeur général adjoint de UK Biobank.

« L’informatique gratuite pour les chercheurs travaillant dans des milieux pauvres en ressources et pour les jeunes scientifiques qui commencent une carrière dans la recherche est un moyen fantastique d’accroître l’utilisation de l’incroyable ressource de uk Biobank. »

Au moment d’écrire ces lignes, on espère que la plate-forme sera en direct et prête à utiliser les chercheurs d’ici l’été 2021, son développement et ses tests ayant lieu tout au long de 2020 et jusqu’au premier semestre de l’année prochaine.

Richard Daly, PDG de DNAnexus, a déclaré que son travail avec UK Biobank est le dernier d’une longue série de projets de recherche que sa technologie a été utilisé pour soutenir ces dernières années.

« Au cours des 11 dernières années, DNAnexus a soutenu les divers objectifs scientifiques des chercheurs du monde entier, accélérant la transformation numérique en simplifiant l’analyse complexe des données, la gestion des données cliniques et les perspectives à grande échelle », a déclaré Daly.

« Nous soutenons avec enthousiasme le projet fondateur de la Biobank du Royaume-Uni, qui innove dans l’avancement de la recherche sur les maladies grâce à l’intégration de données approfondies sur les soins de santé avec la génomique et les outils avancés. »

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